Во время Великой Отечественной войны в 1942 году  где-то на Севере немцы захватывают советский буксир, перевозящий уголь. На борту корабля находятся шкипер Тихон и кочегар Анатолий. Враги предлагают Анатолию спасти свою жизнь, застрелив своего товарища. Анатолий стреляет в Тихона, и тот падает за борт. Немцы оставляют Анатолия, но заминированный ими корабль взрывается.

Монахи подбирают на берегу безжизненное тело.

Действие переносится в 1976 год. Анатолий, значительно изменившийся из-за возраста, трудится в монастыре истопником. Теперь он — отец Анатолий. К нему, как к старцу, с разными нуждами и болезнями приезжают люди. Странностей же старца Анатолия некоторые монахи не понимают. В числе их — отец Иов, завидующий отцу Анатолию за его дар исцеления и предвидения. Настоятель, отец Филарет, пытается наладить отношения с отцом Анатолием, отвечая на жалобы отца Иова. Однако, несмотря на смирение и раскаяние, старцу не даёт покоя совершенное им преступление. Он часто садится в лодку и уплывает на уединённый остров, где усердно молится и кается в совершённом грехе.

Однажды в монастырь приезжает видный адмирал со своей одержимой дочерью. Старец везёт её на остров и с помощью молитвы бесноватую исцеляет. Адмирал же оказался тем самым Тихоном, в которого стрелял Анатолий. В беседе выясняется, что Анатолий лишь ранил Тихона в руку, и тому удалось спастись. Тихон говорит Анатолию, что давно простил его.

Теперь Анатолий знает, что может спокойно умереть. Смерть старца представлена в аллегорической форме: Анатолий ложится в гроб, принесённый Иовом специально для Анатолия, и просит Иова пойти и сказать братии, что он скончался. Иов уходит. Бежит к колокольне и бьёт в колокола, оповещая о смерти старца. Гроб с телом монахи везут в лодке на его остров.